財政部臺北國稅局表示，員工不論有無加班事實，一律按月定額給付加班費者，其性質屬於津貼，扣繳義務人應將該筆所得併同薪資所得扣繳稅款，並於次年1月底前向所轄稽徵機關申報扣繳憑單。
該局指出，依財政部69年6月12日台財稅第34657號函釋規定，員工因業務需要，於平時工作時間以外延長工作時間支領之加班費，如每月延長工作時間總時數未超過勞動基準法第32條第2項規定之延長工作時間(現行為46小時)，可適用所得稅法第14條第1項第3類第2款但書規定免納所得稅，並免予扣繳。惟如不論有無加班及加班時數多寡，一律按月定額給付者，則屬同條款規定之津貼，應併同薪資所得扣繳稅款，不得適用免稅規定。
該局舉例說明，A君為甲公司員工，105年度約定每月月薪80,000元，每日工作時間為8小時，另該公司逕自推估額外給付A君每月之免稅加班費22,000元，惟甲公司僅以每月月薪80,000元，按5%扣繳率扣繳稅款，列報A君之應稅薪資所得。經該局查核後發現A君每月不論有無加班事實或不論加班時數多寡，甲公司每月均固定給予「加班費」22,000元，是依上開函釋規定，該筆定額給付之變相薪資應併入薪資所得計算，而非屬免稅所得，經該局核認甲公司之扣繳義務人未依規定扣繳稅款，除限期責令補繳短扣之稅款及補報扣繳憑單外，並按短扣之稅額處一倍以下之罰鍰。
該局提醒，為因應勞動基準法之修正，民眾對於加班費應否併入薪資所得計算有任何疑問，歡迎撥打免費服務電話0800-000-321或逕洽所轄稅捐稽徵機關，該局將竭誠為您服務。
（聯絡人：審查三科陳股長；電話2311-3711分機1760）
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